Also bitte mal mehr infos:
#welche miui rom
#speicher des sgs
#speicher der sd
aber was ich mal so spontan glaube ist das durch das ganze flashen rest ordner auf der internen sd sind.
Einfach mal die komplette sd im usb modus löschen und rebooten
Keine sorge wenn du die sd über usb löscht und danach rebootest dann werde alle notwendigen ordner wieder hergestellt und die unützen und alten sind weg.
Angabe OHNE GEWÄHR und auf eigene Gefahr^^