Das ist kein Bug
Das Update-Script ist so angepasst, dass es die System- , Cache- und Userdata - Partition formatiert.
Das entspricht fast einem Full Wipe und ist von mir gewollt um FC - Fehlern vorzubeugen.
Allgemein empfehlen wir sowieso VOR dem flashen ein Backup zu machen.
Dazu empfehle ich persönlich die Miui-Backup App, die im ROM integriert ist.
Damit kann mal getrost das komplette System sichern.
Kontakte kannst Du außen vor lassen SOLANGE Du ein Google Konto hast.
Für den Fall das Du auf Deine vorherige ROM - Version zurück willst, empfehle ich immer ein Nandroid Backup.
Dies erstellt eine exakte Kopie des laufenden Systems zum Zeitpunkt der Sicherung und kann übers Recovery erstellt und
wieder hergestellt werden.