Wenn Du EDL machst, müsste der bootloader geflasht werden. Meine Variante ist ohne inoffiziellen Unlock, das geht mit Xiaomi.eu auch, weil dort der Bootloader, falls vorhanden, entfernt wird im Update. Aber für CM muss man den Unlock glaube ich machen (also auch die emmc_boot tauschen), da das sonst bricken kann. Vielleicht reicht es auch, in den CM-Zips immer vorher den bootloader rauszumachen, aber wenn man das vergisst, ist halt sofort wieder Backstein.
Ob without storage klappt weiß ich nicht. Kannst es ja probieren, aber ich würde lieber Titanium-Backups machen. Wobei, die Systemeinstellungen werden damit wohl nicht unbedingt wiederherstellbar sein, wenn es nicht genau vom selben System vorher gesichert wurde.